どちらが正解ということはありません。円滑に協議をするために顔を合わせる必要があれば、毎日顔を合わせることができる同居のまま進めるべきですし、顔を合わせると協議が難しいということであれば、別居を先にしてもよいかもしれません。
同居のまま協議が進まない場合は、距離を置いて環境を変えるということも有用なことがあります。
なお、別居を理由に離婚する場合には、同居期間にもよりますが、裁判では一般的に３～５年程度の別居期間が必要と言われています。長期間離婚協議をするのであれば、早めに別居を開始することも検討されるべきです。

「婚姻を継続し難い重大な事由」が認められれば、裁判で離婚が認められることになります。「婚姻を継続し難い重大な事由」は、性格の不一致、浪費、借金、ギャンブル、勤労意欲の欠如等も含まれますので、暴力がなくとも離婚が認められる可能性があります。

退職金が近い将来支給されることがほぼ確実である場合には、財産分与の対象として認められる可能性があります。退職金の支払いが相当程度先であっても、財産分与の対象となると判断される場合も多いです。
将来の退職金の金額は、退職に至るまでの年数が長いほど不確定要素が多く、特定することが困難ではありますが、現時点で自己都合によって退職したと仮定して支払われる退職金額を算定する方法や、定年まで働いて退職するときに受け取る予定の退職金額を算出する方法などがあります。